- BITD – *Strömpis* – Onsdag 28 Mars 2007
- BITD – *Babar* – Tisdag 27 Mars 2007
- KIF Örebro vann avslagen match
- Seniorvår med kulturen i fokus
- Vägledning för föräldrar i Kumla
- Viktiga bakterier till kejsarsnittsfödda för ökat immunförsvar
- Badplats i Åmmeberg beräknas klar till sommaren 2025
- Lek och nyfikenhet ska förbättra AI:s förmåga att lära sig
- Sista kvalet mot Allsvenskan för Kumla IBK
- Örebro kommun bygger om på Universitetsallén på öster
AI-metoder för analys av sociala nätverk hittar nya celltyper i vävnad
Med så kallad in situ-sekvensering är det möjligt att skapa mikroskopibilder av genaktivitet direkt i vävnad. För att lättare kunna tolka den stora mängd information som då fås har forskare vid Uppsala universitet nu utvecklat en helt ny bildanalysmetod, baserad sig på AI-algoritmer för nätverksanalys som ursprungligen togs fram för att förstå sociala nätverk. Studien är publicerad i tidskriften FEBS Journal.
Vävnaden som bygger upp våra organ består av miljontals celler med olika funktion. Alla celler hos en individ har samma gener (DNA) som finns i cellkärnan. Generna uttrycks genom att molekyler kallade mRNA, eller budbärar-RNA skickas ut från cellkärnan till övriga cellen med information om vad som ska göras. Kombinationen av mRNA definierar på så sätt cellens funktion och identitet.
RNA kan avläsas med hjälp av in situ-sekvensering, en metod som forskare bakom den nya studien tidigare varit med och utvecklat och där miljontals avlästa mRNA syns som prickar i en mikroskopibild av vävnaden. Problemet är att de kan vara svårt att urskilja alla viktiga detaljer. Det är där den nya AI-baserade metoden kan vara till nytta. Med den är det nämligen möjligt att läsa av både funktioner inom en enskild cell och interaktioner mellan celler.
– Vi utnyttjar de senaste metoderna inom AI, eller mer specifikt grafbaserade neurala nätverk som utvecklats för att analysera sociala nätverk och anpassar den för att förstå biologiska mönster och gradvisa variationer i vävnadsprover. Man kan likna cellerna vid sociala enheter som liksom grupper av individer kan definieras utifrån de aktiviteter de delar inom sina sociala nätverk som till exempel twitter, sökningar på google eller val av tv-serier, säger Carolina Wählby, professor vid institutionen för informationsteknologi vid Uppsala universitet.
Tidigare analysmetoder av den här typen av data är beroende av att det redan är känt vilka celltyper som finns i vävnaden och att cellkärnorna i den är identifierade. Metoden som brukar användas kallas singel-cell-analys, men den kan tappa bort en del mRNA och missa vissa celltyper. Trots avancerad automatiserad bildanalys är det ofta svårt att hitta de olika cellkärnorna om till exempel cellerna ligger tätt.
– Med vår analys som vi kallar spage2vec kan vi nu få fram motsvarande resultat utan någon förkunskap om förväntade celltyper och kan dessutom hitta nya celltyper och funktioner inom eller mellan celler i vävnaden, säger Carolina Wählby.
Forskargruppen arbetar nu vidare med sin analysmetod genom att undersöka hur olika celltyper uppstår och organiserar sig under hjärtats tidiga utveckling. Det är ren grundforskning som syftar till att öka kunskapen om de mekanismer som styr utvecklingen, både när allt fungerar som det ska och vid sjukdom.
I ett annat projekt som görs tillsammans med cancerforskare hoppas de kunna använda metoderna för att bättre förstå hur tumörvävnad på molekylärnivå interagerar med intilliggande frisk vävnad. Målet är att det på sikt ska kunna leda till bättre behandlingar som anpassas efter varje patient.
Hälsa | Regionalt
Örebronyheter
Källa: Uppsala universitet
Related Posts
Latest News
-
Nu aktiveras publikstödet för 2024
För andra året i följd så aktiverar Unibet Publikstödet. Utöver...
- Posted mars 29, 2024
- 0
-
Smarttelefonen missbrukarnas nya vapen
Smarttelefonen har utvecklats till ett tänkbart verktyg för missbruk, vilket...
- Posted mars 29, 2024
- 0
-
Priset på kakao ökar mer än bitcoin till påsk
Påskbordet för en familj om fyra personer har blivit 181...
- Posted mars 29, 2024
- 0
-
BITD – *Strömpis* – Onsdag 28 Mars 2007
BITD – Back In The Days vi tar en titt...
- Posted mars 29, 2024
- 0
-
BITD – *Babar* – Tisdag 27 Mars 2007
BITD – Back In The Days vi tar en titt...
- Posted mars 29, 2024
- 0
-
KIF Örebro vann avslagen match
Under torsdagskvällen tog KIF Örebro emot IFK Norrköping i en...
- Posted mars 28, 2024
- 0
-
Seniorvår med kulturen i fokus
I år anordnar Örebro kommun tillsammans med flera aktörer Seniorvår...
- Posted mars 28, 2024
- 0
You must be logged in to post a comment Login