- Mingel – *Makeriet* Fredag 26 Juli 2024
- Lyckad fikakväll när Chrysler 57 Heaven bjöd in till bilträff
- Cleo till Under Bar Himmel
- ÖSK hälsar Erik Andersson välkommen
- Hjälmargös får skyddad ursprungsbeteckning i EU
- Anställd på fritidsgård misstänkt för sexualbrott
- ”Ett adresserat brev” av Leia
- Behrn Arena hockeyarena rankad tvåa
- Flyg till London från Örebro osäkert
- Förbud för omkörning för lastbilar genom Örebro
1,6 miljoner celler förbättrar AI-baserad tolkning av mikroskopibilder
![](https://i0.wp.com/www.orebronyheter.com/wp-content/uploads/2021/09/Celler.jpg?resize=300%2C336&ssl=1)
Att urskilja enskilda celler är en förutsättning för att studera cellbiologi i detalj med hjälp av mikroskopi. Nu publiceras en storskalig resurs för att göra det möjligt att använda de senaste AI-metoderna för att hitta och urskilja cellerna automatiskt. En vetenskaplig artikel om resursen är publicerad i tidskriften Nature Methods.
Att använda mikroskop för att studera cellers beteende är inget nytt och är standard för att till exempel utveckla och förstå effekten av nya läkemedel. Med hjälp av automatiserade mikroskop kan man i dag samla in mångt mycket fler mikroskopibilder än vad man kan analysera manuellt. Forskare vid Umeå universitet, tyska AI-institutet Deutsches Forschungszentrum für Künstliche Intelligenz (DFKI), och företaget Sartorius har publicerat ett nytt, storskaligt dataset som gör det möjligt att använda de senaste teknikerna inom AI för att tolka mikroskopiska bilder automatiskt.
I många fält pågår det en AI-revolution. Dagens AI drivs framför allt av så kallad maskininlärning vilket har revolutionerat bland annat datorseende under det senaste decenniet. Maskininlärning är flexibelt och kraftfullt men behöver ”tränas” på stora datamängder. Det innebär att för många är bristande tillgång på stora dataset det största hindret för att använda de senaste AI-teknikerna. Fram till i dag har det varit ont om sådana dataset inom mikroskopisk bildanalys.
Rickard Sjögren, som nyligen disputerat vid Umeå universitet och i dag arbetar som forskare hos Sartorius, en global leverantör till läkemedelsindustrin, har lett arbetet med att ta fram det nya datasetet.
– Vårt mål med forskningsprojektet var att skapa en resurs inom life science som är öppen och tillgänglig för alla som vill använda de senaste AI-metoderna inom mikroskopi, säger Rickard Sjögren.
Forskarteamet använde sig av en process som kallas bildannotering, vilket innebär att man markerar ut de enskilda cellerna för hand, i drygt 5 000 mikroskopibilder. Det totala antalet enskilda celler som annoterades på detta vis landade på ungefär 1,6 miljoner.
– Det blir ett dataset som innehåller 20 gånger fler celler än vad som fanns publicerat tidigare, säger Rickard Sjögren.
I det här fallet var det inte biologer som utförde arbetet utan inhyrda annoterare, det vill säga icke-experter. Men eftersom det kan vara svårt att urskilja enskilda celler och att bildmängderna var så stora, ställdes stora krav på kvalitetssäkringen.
Johan Trygg, professor i kemometri på Kemiska institutionen vid Umeå universitet. har deltagit i planeringen och koordinationen av arbetet.
– Att data håller hög kvalitet är kritiskt för all dataanalys, inklusive AI-baserad analys. Givet att framtiden för life science-forskning är datadriven skapar vårt nya dataset stora möjligheter och passar perfekt in i den pågående miljardsatsningen av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse inom datadriven life science där Umeå universitet deltar, säger Johan Trygg.
Utöver själva datasetet har teamet samarbetat med tyska AI-institutet DFKI för att träna AI-modeller på data, ta fram rutiner för att utvärdera dem, och demonstrera hur väl de funkar för sitt syfte att urskilja enskilda celler.
– Vi hoppas att vår resurs ska möjliggöra nästa generations AI-driven mikroskopi och att det i sin tur ger oss ett kraftfullare verktyg för att snabbare utveckla nya läkemedel, säger Rickard Sjögren.
Sverige
Örebronyheter
Källa: Umeå universitet
Related Posts
Latest News
-
Mingel – *Makeriet* Fredag 26 Juli 2024
Makeriet 2024.07.26 * Fredag * Stig in till Makeriet och...
- Posted juli 27, 2024
- 0
-
Lyckad fikakväll när Chrysler 57 Heaven bjöd in till bilträff
Igår torsdag 25 juli hade Chrysler 57 Heaven öppnat upp...
- Posted juli 26, 2024
- 0
-
Cleo till Under Bar Himmel
Cleo bjuder på storslagen hiphop Under Bar Himmel i augusti....
- Posted juli 26, 2024
- 0
-
ÖSK hälsar Erik Andersson välkommen
Örebro SK Fotboll har tagit in Erik Andersson, en mittfältare...
- Posted juli 26, 2024
- 0
-
Hjälmargös får skyddad ursprungsbeteckning i EU
Hjälmargös är en vildfångad färsk gös (Sander lucioperca) från Hjälmaren....
- Posted juli 26, 2024
- 0
-
Anställd på fritidsgård misstänkt för sexualbrott
En flicka har utsatts för sexualbrott i Örebro i någon...
- Posted juli 26, 2024
- 0
-
Illa genomtänkt skrotpremie risk för obefintlig miljövinst
Miljö- och klimatminister Romina Pourmokhtari meddelade på torsdagen, att regeringen...
- Posted juli 26, 2024
- 0
You must be logged in to post a comment Login